Este es el segundo juego que conforma la saga de los .hackers, que continua la historia donde la dejó .hack//Infection.

En .hack//Mutation la acción continua en The World, aunque esta vez accederemos a zonas más extrañas y nos internaremos más a fondo en The World. Seguiremos capaces de interactuar con otros personajes y de enviarles correos para intimar con ellos.

.hack//Mutation salió a la venta en Japón el 19 de Septiembre de 2002, salió en USA y Europa uno y dos años más tarde respectivamente.

Después de vencer a Skeith, el temible monstruo de la vara roja, Kite y BlackRose pensaban que todo volvería a la normalidad, pero no solo no ha sido así, sino que también han perdido la única pista que tenían. Sin ningún tipo de pista, y bajo la amenaza de la aparición de un nuevo
enemigo, deberán seguir investigando e introduciéndose en las raíces de The World.